Mit dem Beginn der 1990er Jahre beginnt das Hochschulrechenzentrum der Universität Bonn auch die Installation eines Anschlusses an das Wissenschaftsnetz WIN (WIN - basierte auf X.25-Technik, die dem öffentlichen DATEX-P-Netz der Deutschen Bundespost TELEKOM zugrunde liegt und ein physikalisches Trägernetz für Kommunikationsdienste darstellt). Der neue WIN-Anschluss eröffnet der Universität Bonn die Möglichkeit, mit einer großen Anzahl von Hochschulen, Forschungseinrichtungen und Informationsanbietern im In- und Ausland zu kommunizieren. 
Die Kommunikation über WIN ist für Institute der Universität Bonn kostenfrei und wird aus Haushaltsmitteln des RHRZ finanziert. Das neue Wissenschaftsnetz liegt einem Vertrag zwischen FDN und Telekom zugrunde, der die Nutzung der erforderlichen Leistungen gegen Zahlung fester Beträge vorsieht. Ein ähnlicher Vertrag kann am 15. Dezember 1990 zwischen der Universität Bonn und der Telekom unterzeichnet werden. Dieser legt den Grundstein für das BONNET, das erste eigene sichere und verschlüsselte Universitätsnetz der Universität. 

Zudem kommt es durch mannigfache Veränderungen in der Bedarfsstruktur der Institute auch zu veränderten Aufgaben am RHRZ: Viele DV-Anwendungen der Institute, die bisher zentral abgewickelt werden, können aufgrund der Weiterentwicklung der DV-Technologie bald besser lokal am Arbeitsplatz erfolgen. So z. B. die Programmentwicklung, die Datenverarbeitung, die Textverarbeitung und auch grafische Visualisierungen von numerischen Resultaten lassen sich bei hoher Produktivität mithilfe dezentraler Mikrocomputer und Workstations realisieren. Das funktioniert aber nur, wenn Kapazitäten der Geräte nicht kontinuierlich benötigt werden, denn es steht keine beliebige Rechenleistung zur Verfügung. Die rationelle Lösung ist deswegen (weiterhin) ein rund um die Uhr betriebener Gemeinschaftsrechner. 

Die Nutzung der zentralen Prozessorkapazität wächst weiter von Jahr zu Jahr. Im Jahr 1990, in dem die Anlage IBM 3084-Q erstmals ganzjährig zur Verfügung steht steigt sie um mehr als 70%. Es ist abzusehen, dass dieser Bedarf weiter steigt, auch wenn sich die Gewichte zugunsten dezentraler und regionaler Kapazitäten in Zukunft verschieben sollten: das wird bereits an der wachsenden Auslastung der DV-Anlagen in Bonn und auch der lebhaften Nutzung der Supercomputer in Aachen und Jülich deutlich. 
Supercomputerzeiten stehen aber auch an der Universität Bonn nicht unbegrenzt zur Verfügung. Das heißt, dass Universalrechner durch andere Rechnertypen ergänzt werden müssen, beispielsweise durch mittlere Vektorrechner mit hoher Skalarleistung, um interaktives Arbeiten mit großen Datenmengen auch vom Arbeitsplatz aus zu ermöglichen.
Ständig verfügbarem Speicherplatz in der Größenordnung von mehreren hundert Gigabyte wird vor diesem Hintergrund zu Beginn der 1990er Jahre  besondere Bedeutung beigemessen. Im Jahr 1990 können in Bonn 100 GB angeboten werden, welche auf Dauer jedoch nicht ausreichend sind. Das zeigen bereits Belange der Bonner Naturwissenschaftler:innen mit ihren Experimenten bei DESY und CERN und auch die Theoretiker:innen sowie die Landwirtschafts-, Rechts- und Staatswissenschaftler:innen.

Besonders wichtig wird in den 1990er-Jahren die Vernetzung von Workstations und PCs sowie das Datenmanagement im Netz. So kommt es zu anlaufenden Beschaffungsmaßnahmen, dem WAP-Programm.

Beschaffung von Mehrfachlizenzen für PC-Software: Im Jahr 1990 werden mit zahlreichen Anbietern von Mikrocomputer-Software Verhandlungen über die Vergabe von preiswerten Gruppen-, Campus- oder Landeslizenzen geführt. Landeslizenzen werden für das Statistikprogramm SPSS/PC+ erworben: die Weitergabe der Lizenzsoftware an die einzelnen Hochschulen in NRW (sowie natürlich an die Institute der Universität Bonn) erfolgt durch das RHRZ. Eine vergleichbare Regelung gibt es für das Statistikprogramm SAS, für das die Gesamthochschule Siegen die landesweite Verteilung übernommen hat. 

"RHRZ Aktuell": im September 1990 erscheint die erste Ausgabe der hauseigenen Zeitschrift "RHRZ Aktuell". Über dieses  Format informiert das RHRZ die Universitätsmitglieder ab sofort regelmäßig über Projekte und aktuelle Themen am RHRZ und aus der IT-Welt. 

Mail-Dienst im Internet: Bereits seit den 1980er Jahren gab es einen Maildienst auf dem Großrechner des HRZ im European Academic Research Network (EARN). 1990 wurde dieser mit einer SMTP-Schnittstelle erweitert, mit der es erstmals ein zentrales Mailangebot der Universität im Internet gab.

Am 1. April 1996 geht das Hochgeschwindigkeitsdatennetz des DFN-Vereins, das sogenannte Breitband-Wissenschaftsnetz (B-WIN) mit Anschlusskapazitäten von 34 Mbit/s bzw. 155 Mbit/s in Betrieb. Zuvor waren regionale Breitband-Infrastrukturen erprobt worden, hieran nahm die Universität Bonn bereits aktiv teil und es kommt im Jahr 1996 nach jahrelangen Bemühungen um den Aufbau eines Hochgeschwindigkeitsnetzes für die Wissenschaft endlich zu einem erfolgreichen Abschluss.
Auf Initiative des Ministeriums sollen bis Ende des Jahres 1996 alle Universitäten und Fachhochschulen in NRW an das B-WIN angebunden sein. Die neue Technik ist stabil, die allgemeien Performance zwischen den B-WIN-Teilnehmern ist sehr gut. Einziges Defizit: Die Auslandskonnektivität ist als miserabel zu bewerten. 

Die Entstehung der ersten Webseite(n) der Universität Bonn: Die Senatskommission für das Informationsangebot in Datennetzwerken wird im Juni 1996 gegründet, um die (erste) Präsentation der Universität Bonn und ihrer Institute im world wide web formal zu klären. So entstehen die Bereiche Presserecht und Datenschutz, deren Ziel die Erstellung von Richtlinien zur Gestaltung von Webseiten der Universität Bonn ist.

"RHRZ Aktuell": Die im September 1990 erstmalig veröffentlichte Zeitschrift "RHRZ Aktuell" erscheint ab Oktober 1996 halbjährlich und wird ab sofort jedem Institut der Universität Bonn standardmäßig in zweifacher Ausführung zugesandt.

Neu am RHRZ eingeführt werden außerdem die E-Mail-Listen. Für die Verarbeitung und Administration von E-Mail-Listen wird das Programmpaket Majordomo (Listserversoftware) eingesetzt.

Das 1991 eingerichtete Datenbanksystem der ULB soll im Jahr 1996 auch an Arbeitsplätzen in Instituten mit Workstations nutzbar gemacht werden. Solange noch kein Anschluss an das BONNET bestand, war es kein Problem, dass es sich hier um ein System unter MS-DOS handelte. Im Jahr 1996 werden unterschiedliche Zugangsmöglichkeiten zu den Datenbankservern der ULB realisiert.

Im Jahr 1996 kommt es zu einer allgemeinen Verbesserung der Internetzugänge für Studierende am RHRZ. So können Studierende nun in mehreren Terminalräumen des RHRZ Arbeitsplätze für den Zugang ins Internet nutzen. Die dafür vorhandenen Geräte sind Terminals mit reiner Textdarstellung. Diese können sinnvoll für die Funktionen E-Mail, News und Filetransfer (FTP) genutzt werden, aber nur sehr eingeschränkt für das World Wide Web. Ab Oktober 1996 erweitert sich das Angebot und es stehen acht neue Arbeitsplätze zur Verfügung, auf denen der Zugang ins WWW mit seinen grafischen Seiten möglich ist.

Die Beschaffungen im Jahr 1996 können in vier Kategorien eingeteilt werden: 1) Großgeräte 2) CIP-Pool 3)WAP-Cluster (WLAN) 4) Vernetzte DV-Systeme

Der Landeshöchstleistungsrechner in Aachen weist 2 GB Hauptspeicher, 108 GB Plattenkapazität, 5 TB Backup- und Archivierungsserver auf. 

Im Jahr 1996 finden ebenfalls IT-Lehrveranstaltungen am RHRZ statt: Es werden PC- und Internet-Kurse für Einsteiger:innen sowie UNIX C unter UNIX-Kurse angeboten.

WIN-Nutzung: Nachdem der Aufbau eines Hochgeschwindigkeitsnetzes für Wissenschaft und Forschung in Deutschland erst mit jahrelanger Verzögerungen gegenüber vergleichbaren Ländern wie den USA und Großbritannien gelang, kommt es im Jahr 1997 zu wesentlichen Leistungsverbesserungen. Die gestiegene Leistungsfähigkeit der Netzinfrastruktur wirkt sich unmittelbar auf Nutzung der Internet-Dienste aus. So verdoppelt sich das Verkehrsvolumen alle sechs Monate und das Gesamtaufkommen beträgt im August 1997 mehr als 30.000 GB. Damit kommt es endlich auch zu einer verbesserten Auslandsanbindung.

Der zentrale Mailserver-Dienst wird im Jahr 1997 noch als Angebot kaum genutzt, da sich das Antragsverfahren als zu umständlich darstellt. Aus diesem Grund wird ein vereinfachtes Antragsverfahren eingeführt.

Ein weiterer Meilenstein ist die Freigabe erster Mittel für die Uni Bonn aus dem Hochschulsonderprogramm III. Durch diese werden Anträge zur Realisierung verschiedener Maßnahmen aus dem Bereich der Multimedia-Grundausstattung zum Einsatz von Multimedia in den Hochschulen von Bund und Ländern gefördert.

Am 1. August 1997 tritt das Multimediagesetz in Kraft und stellt das RHRZ vor neue Herausforderungen.

Mit Beginn des Sommersemesters 1997 startet die Einrichtung bzw. die Inbetriebnahme eines Internet-Arbeitsplatz-Pools am RHRZ. Die Nutzungsmöglichkeiten erstrecken sich über den Zugang zum Internet WWW, News, FTP sowie E-Mail. Zu diesem Zweck wird ein eigenes Arbeitsplatzsystem unter Linux entwickelt. 

Im Jahr 1997 finden folgende IT-Lehrveranstaltungen am RHRZ statt:

• PC für Einsteiger,
• Internet für Einsteiger,
• UNIX,
• C unter UNIX,
• LINUX,
• FORTRAN 90,
• SPSS für Windows,
• Textverarbeitung für Einsteiger,
• Excel
  + Vortragsreihe zur Nutzung von PCs und zur Nutzung von Datennetzen

Im Jahr 1998 steht die Umstellung des BONNET-Backbone auf ATM an, welches bisher als logischer Ring mit der Übertragungstechnik FDDI und einer Stärke von 100 Mbit/s betrieben wurde. Das Backbone wurde nunmehr durch sternförmig miteinander verbundene  ATM-Switches gebildet. Zwischen je zwei Switches´ steht nun eine Bandbreite von 155 Mbit/s zur Verfügung und in jedem Versorgungsbereicn ist weiterhin ein Router vorhanden, um die Netze innerhalb des Versorgungsbereiches mit dem Backbone zu verbinden. Allerdings erfolgt die Umstellung auf ATM nicht unbedingt wegen der höheren Datenübertragungsrate, sondern vor allem wegen Bandbreitenreservierungen zwischen den Endgeräten. Damit ist nun auch eine Echtzeitanwendung hauptsächlich für Projekte aus Informatik und Medizin möglich. 

Das ATM-Backbone bietet zudem bessere Schutzmöglichkeiten. So erfolgt der Datentransfer zwischen zwei Einrichtungen in räumlich getrennten Versorgungsbereichen (z. B. Medizinische Einrichtungen) nicht mehr über Ring mit mehreren Netzstationen, sondern direkt über einen zentralen ATM-Switch. 

Im Jahr 1998 kommt es zu einem weiteren Kooperationsprojekt zwischen der Uni Bonn und der Deutschen Telekom. Die Telekom bietet der Universität Bonn eine Kooperationsvereinbarung an, deren Ziel es ist, Mitarbeitenden und Studierenden einen Zugang vom heimischen PC auf das Datenkommunikationsnetz der Uni Bonn (BONNET) zu ermöglichen. Dieses Projekt stellt ein Ende des Frusts über ständig besetzte Leitungen bzw. den Abbruch der Verbindungen wegen Zeitüberschreitung in Aussicht. Der Beginn des Kooperationsprojekts soll mit 240 Netzanschlüssen erfolgen und sowohl für digitale (ISDN-) als auch analoge (Modem-) Verbindungen nutzbar sein. Als zugangsberechtigte Nutzende gelten im April 1998 ca. 10.000 Studierende und 3.250 Mitarbeitende. 

1998 kommt es zu einer Genehmigung für den Bauabschnitt 2B des BONNET. Mit den freigegeben 560.000 DM stehen genug Mittel zur Verfügung, um weitere 31 von insgesamt 92 Hochschulgebäuden mit Glasfaseranschluss auszustatten.
Hinzu kommt, dass die Unbedenklichkeitserklärung für den Bauabschnitt 2A des BONNET endlich vorliegt. Nun kann die gesamte Maßnahme, die ein Volumen von 2,65 Mio. DM hat, im Rahmen der verfügbaren Haushaltsmittel (auch aus den Vorjahren ab 95) realisiert werden. Zum Zweck des Ausbaus werden auch Mittel aus dem Hochschulsonderprogramm III verwendet. Der Gesamtetat des Bauvolumens beläuft sich auf 9,8 Mio. DM.

BONNET-Bauabschnitt 2A (Maßnahmen und Realisierung):
In einem ersten Schritt stehen der Trassenbau (Tiefbauarbeiten) und das Verlegen von ca. 5.000 m Glasfaserleitungen sowie die Installation von passiven Komponenten für den BONNET-Hausanschluss von 31 Hochschulgebäuden (bereits 1997 abgeschlossen) an. In einem zweiten Schritt erfolgt die Beschaffung weiterer Komponenten (ebenfalls 1997 abgeschlossen). Die Installation kann jedoch erst im Jahr 1998 initiiert werden, da die Backbone Umstellung vorgezogen werden musste. Ein dritter Schritt sieht nun die Herstellung der passiven Infrastruktur für das Inhouse-Datennetz im Hauptgebäude mit 900 Räumen (größtes Gebäude der Uni) vor, für das 1997 noch das Glasfaserhauptnetz verlegt wurde. Der vierte Schritt liegt in der Beschaffung aktiver Komponenten zur Inbetriebnahme des Inhouse-Netzes im Hauptgebäude.

BONNET-Bauabschnitt 2B (und vorrangige Teilmaßnahmen 1998):
Um den nächsten Bauabschnitt beginnen zu können, wird zunächst die Erstellung bzw. bedarfsgerechte Ergänzung der passiven Infrastruktur für das Inhouse-Datennetz aller Hochschulgebäude (ausgenommen medizinische Einrichtungen) auf Basis der Bedarfsumfrage von 1996 notwendig. Erst danach können die aktiven Komponenten zur Inbetriebnahme der neu erstellten Inhouse-Netze beschafft werden. Mit dem Etat von 9,8 Mio. DM können nur ca. 50 % der Kosten für die aktiven Komponenten abgedeckt werden, sodass sich Institute an der Finanzierung beteiligen müssen. Danach kann der weitere Trassenbau sowie die Verlegung von Glasfaserleitungen und Installation passiver Komponenten für alle Universitätsgebäude beginnen, die nach dem Ende des Bauabschnitts 2A noch unversorgt waren oder in den Vorjahren nur einen provisorischen BONNET-Anschluss erhielten. In einem vierten Schritt wird  Beschaffung weiterer aktiver Komponenten initiiert, um die Glasfaserleitungen für die neuen Gebäude in Betrieb nehmen zu können.

Im Jahre 1998 bietet sich in mehreren Bereichen der Stadt die Gelegenheit, Tiefbauarbeiten und auch das Verlegen von Glasfaserkabeln in Kooperation mit den Stadtwerken Bonn durchzuführen. Der Kooperationsvertrag mit den SWB sieht die Verlegung eines Glasfaserkabels der Universität auf einer Trasse im U-Bahntunnel vor. Diese Bauarbeiten können im Juni 1998 abgeschlossen werden. Weitere Maßnahmen der SWB folgen im Sommer im Bereich Nassestraße und der Lennéstraße.

Das Studentenwohnheim Bonn Tannenbusch II wird 1998 ans Netz angeschlossen.

Die BONNET-Wählzugänge des Projektes "uni@home" können nach der Unterzeichnung des Kooperationsvertrags mit der Telekom Mitte August in Betrieb genommen werden. Dabei kommt es zu Neuerungen: die Wählzugänge haben eine einheitliche Rufnummer und es kommt zu einem Wegfall der Zeitbeschränkungen und einer Kanalbündelung bei ISDN. Dadurch verdoppelt sich die Übergangsrate auf 128 Kbit/s, analog zur Übertragungsrate bis 56 Kbit/s bei einem Netzzugang auch überregional zum Ortstarif. Zudem erhalten Studierende und Mitarbeitende der Universität Bonn bei der Baubeantragung eines ISDN-Anschlusses besonders günstige Konditionen: die Kosten von 100,87 DM werden in voller Höhe durch eine Gutschrift erstattet.

Im Jahr 1998 wird das Jahr 2000-Problem, auch y2k-Problem genannt, allmählich bekannt. Der Crashtest 2000, durchgeführt in den Stadtwerken Hannover, hatte gezeigt, dass Rechner bei probeweiser Umstellung auf den 31.12.1999 ca. 120s nach Mitternacht den Dienst einstellten. Die Ursachen für dieses Problem lag in der unzureichenden Datumsdarstellung und der Datumsarithmetik. Damit waren potentiell alle Bereiche gefährdet, in denen Datumsangaben und Datumsdifferenzen von substanzieller Bedeutung waren, da die Zeit-und Datumsverarbeitung auf allen EDV-Ebenen stattfindet (sei es Hardware, Firmware, Betriebssystem oder Netzsoftware). Ein weiteres Problem: bei manchen Programmierern war es gängige Praxis, den 09.09.99 als selbst definierte End-of-File-Marke zu belegen, da dieses Datum als "praktisch niemals vorkommend" galt. Fehlfunktionen bei Erreichen dieses Datums waren damit buchstäblich vorprogrammiert. Ob Fehler in Benutzerverwaltung, Lizenzmanagement und Back-up-Abläufen, es muss eine "y2k-Fähigkeit" hergestellt werden.
Zu diesem Zweck war eine eindeutige Darstellung und Berechnung der Jahreszahlen notwendig. Dafür war die durchgängige Umstellung auf vierstellige Jahreszahlen oder Referenzjahre erforderlich. Dies gestaltete sich schwierig, da der Quellcode der Programme benötigt wurde.
Um dem Problem entgegenzuwirken, richtet das RHRZ auf seiner Webseite eine neue Seite zur y2k-Problematik ein, auf der Informationen über einzelne Systeme und deren y2k-Fähigkeit einzusehen sind. Die Informationen reichen von allen vorhandenen Workstation-Systemen, über PCs bis hin zu Betriebssoftware und Netzen und beschreiben das empfohlene Vorgehen an der Universität Bonn.

Das Hochschulrechenzentrum beschäftigt sich in den 90er Jahren u.a. auch mit dem Thema Netzwerksicherheit- Im Jahr 1998 wurden Firewalls und deren Einsatz noch kritisch betrachtet. Der Einsatz von Firewalls wurde am RHRZ und der Uni Bonn sowie allgemein für Universitäten und Forschungseinrichtungen üblich, eher als hinderlich denn als nützlich betrachtet.

Eine weitere Neuerung ist der Einzug beziehungsweise die wachsende Akzeptanz von PDF-Formaten sowie Acrobat 3.0 in der Arbeit der Universitäten.

Im Jahr 1998 finden folgende IT-Lehrveranstaltungen am RHRZ statt:

• PC für Einsteiger,
• Internet für Einsteiger,
• UNIX,
• LINUX,
• C unter UNIX,
• C++ unter UNIX
• FORTRAN 90,
• SPSS für Windows,
• Textverarbeitung für Einsteiger,
• Excel,
• Datenbanksystem ACCESS,
  + Unterschiedliche Vortragsreihen z.B. "Veröffentlichungen im WWW: Wie erstelle ich eine eigene Homepage?“

Im Januar 1999 beginnt die Durchführung der ersten Inhouse-Verkabelung für das BONNET. 

Am Hochschulrechenzentrum steht im Jahr 1999 eine der wohl bedeutsamsten Veränderungen an: die Abschaltung der gemeinschaftlich genutzten DV-Anlage IBM 9121-320 ist für den 30. Juni 1999 geplant. Mit der Abschaltung des Großrechners stehen die Betriebssysteme VM/CMS und MVS ebenfalls nicht mehr zur Verfügung. Die Vorbereitung auf die Abschaltung der Datenverarbeitungsanlage beginnt im Jahr 1998, in dem das RHRZ über die Möglichkeiten der Migration von Datenbeständen von Magnetplatten und Magnetbändern sowie zur Umstellung der Anwendungen informiert.

Ab dem 30. Juni 1999 steht an Stelle des Großrechners die Unix Workstation vom Typ IBM RS/6000 am RHRZ zur Verfügung. Bei der Migration von MVS und VM/CMS nach Unix/Windows müssen Projekte entweder rechtzeitig abgeschlossen oder auf einer anderen Workstation oder einen Rechner übertragen werden.

Im November 1999 gibt es am RHRZ etwas zu feiern: und zwar 25 Jahre RHRZ (in seiner derzeitigen Rechtsform)! Datenverarbeitung an der Universität Bonn gab es schon viel früher: in den Jahren 1958-60 wurde bereits eine Rechenmaschine vom Typ LPG 30 von Royal McBee beschafft. Ihre Ergänzung durch einen ER 56 von SEL brachte den ersten Rechner, der allgemein zur Verfügung stand. Iniziiert wurde die Beschaffung und Einrichtung durch Prof. Dr. Ing. Heinz Unger, der daher zu Recht als Gründer des maschinellen Rechnens in Bonn gilt. Der Aufbau des Rechenzentrums basiert auf der Grundlage der Ideen, aber auch der maschinellen Ausstattung des Unger'schen Instituts für Instrumentelle Mathematik (IIM). Die Aufgabenstellung eines Rechenzentrums auf der Basis der Landesgesetze sowie der Datenverarbeitung und damit auch die Aufgaben eines Universitätsrechenzentrums entwickelten sich dermaßen schnell, dass die Juristen mit der Ausarbeitung von Gesetzen und Vorschriften nicht hinterherkamen. So entstanden für entscheidungsfrohe Rechenzentren immer mehr Freiräume für ihre sachgemäße Entwicklung. Dabei blieb die Aufgabe eines Rechenzentrums natürlich immer: die fachliche Aufsicht über die gesamten an Universität zur Verfügung stehenden DV-Kapazitäten sowie die Aus- und Fortbildung von Benutzern auf dem Gebiet der Datenverarbeitung. Fazit der ersten 25 Jahre: Das Rechenzentrum der Universität Bonn entwickelt sich vom monolithischen Rechner mit wenigen Benutzern über eine starke Erhöhung der Nutzeranzahl bei an sich gleichbleibender, nur leistungsfähigerer Hardware bis hin zur Verlagerung der Dienste an den Arbeitsplatz und der damit notwendigen Entwicklung der Netztopologien. Das zentrale Aufgabenfeld des RHRZ erstreckt sich dabei über: die Vernetzung und Netzdienste, den Betrieb zentraler Server, die Unterstützung dezentraler Systeme, allgemeine Beratungs- und Unterstützungsdienste sowie Kurse (Anwendungen, Systeme, Internetnutzung) und IT-Koordinierung.