Auch im neuen Jahrtausend übernimmt das RHRZ vor allem zentrale Aufgaben, welche die Kapazitäten der einzelnen Standorte übersteigt. Dazu gehören die Vernetzung und der Betrieb der Netzdienste, der Betrieb zentraler Server und die Unterstützung dezentraler Systeme, wie etwa Arbeitsplatzrechner und Subnetze, allgemeine Beratungs- und Unterstützungsdienste und IT-Koordinierung. Des Weiteren werden Kursen zu Anwendungen, Systemen und Internetnutzung angeboten.

Im April des Jahres 2000 verzeichnet das RHRZ über 21.000 eingetragene Nutzer:innen. An der Universität Bonn gehen zu diesem Zeitpunkt ca. 30.000 E-Mails täglich ein und aus. Es erfolgen etwa 100.000 tägliche Zugriffe auf das Internet, sodass etwa 100 GB am Tag empfangen und 60 GB am Tag versendet werden. Ungefähr 2 TB gespeicherte Daten befinden sich im Jahr 2000 im zentralen Back-up und Archivierungssystem. Das lokale Hochschulnetz umfasst etwa 12.000 Anschlusspunkte und 500 km Kabel. Ganze 360 Telefonzugänge vebinden das Hochschulnetz mit dem öffentlichen Fernsprechnetz. An der Universität Bonn sind ca 9000 Arbeitsplatzrechner vorhanden, die mit verschiedenen Funktionen unterstützt werden. Ca 500 Personal Computer stehen an der Universität in PC-Pools zur Verfügung.

Maßgebliche und weitreichende Entwicklungen gibt es im Laufe der Jahre nicht nur bei Hard- und Software sowie den Nutzungsarten, sondern besonders gravierend in der Personalstruktur am Hochschulrechenzentrum. Im Vergleich zum Gründungsjahr verzeichnet das RHRZ einen rasanten Stellenabbau. Waren es 1974 noch 22 Maschinenbediener, die in drei Schichten arbeiteten, ist es ab Mitte der 1990er technisch möglich, die Maschinen nachts unter Aufsicht nur noch eines "Wachmanns" laufen zu lassen. Mit den technischen Entwicklungen, der flächendeckenden Versorgung der Bereiche mit Prozessoren, Datenträgern und Druckern fallen immer weitere Stellen aufgrund schrumpfender Aufgabenfelder weg.

Die Hauptrolle in der Entwicklung der 2000er Jahre: Netze und ihre Dienste. Diese neuen Bereiche schaffen Aufgaben, für die eine Ausbildung der Mathematisch-Technischen Assistenz oder besser noch eine Fachhochschulausbildung erforderlich ist. Als Folge muss es langfristig zu Stellenumwidmungen kommen. Eine Übergangslösung, um dem Stellenbedarf gerecht zu werden, ist die vermehrte Einstellung studentischer Hilfskräfte, die dem Rechenzentrum einen echten Mehrwert bringen.

Im Dezember 2000 wird ein Kooperationsvertrag zwischen der Universität Bonn und dem Studierendenwerk zum Aufbau eines gemeinsamen Backbone-Glasfasernetzes geschlossen. Dieser Vertrag soll eine ganz besondere Rolle für das eigene Universitätsnetz (BONNET) spielen. 

Die vorherrschende Frage in den ersten 25 Jahren der Entwicklung am RHRZ: auf die neuesten Möglichkeiten oder bewährte Technik und Systeme setzen? Im Sinne der Betriebssicherheit und der gelernten Umgebung der Kund:innen lag der bisherige Schwerpunkt stets auf einer Lösung mit vorhersehbarer Entwicklung. "Dieses Vorgehen hat dazu geführt, dass die Universität Bonn immer mit nur einer einzigen Stimme gesprochen hat: Es war nie Institution XY, die Stimme in Fragen der DV erhoben hat, sondern immer die Universität als Ganzes. Daran waren alle Institutionen und Gremien bis hin zum Senat und Rektorat beteiligt. So ist eben ein Antrag des Rechenzentrums auf Investitionsmittel kein Antrag des Rechenzentrums für seine eigenen Belange. Auch nie ein Antrag, der lediglich der Unterstützung einzelner Fächer dient. Es ist immer ein Antrag der Universität." (Jahresbericht 2000, S.4)

Seit Anfang März 2000 bietet das RHRZ die "RHRZ-CD für den Internet-Zugang" an: Die für 5 DM zu erwerbende CD soll den Anwender:innen durch Anleitungen und Programme die häusliche Installation und Konfiguration der benötigten Netz-Software für den Zugang vom PC ins BONNET erleichtern. 

Als eine besonders wichtige Aufgabe entwickelt sich das Thema Schulungen der Anwender:innen heraus: so verzeichnet das RHRZ bis April 2000 mehr als 4000 Teilnehmende in den Grundkursen zur Textverarbeitung.

Das Thema Netze und ihre Dienste stellt sich in der Entwicklung des RHRZ als größte Herausforderung heraus und so erreicht das Bonner Datennetz BONNET mit seinen Diensten im April 2000 eine Verfügbarkeit von etwa 98 %.

Im Jahr 2000 kommt das B-WIN an die Grenzen seiner Leistungsfähigkeit. Das transferierte Volumen wächst um den Faktor 2,2 pro Jahr und auch die Datenströme aus dem Ausland nehmen so stark zu, dass die Möglichkeiten des B-WIN-Netzes bald ausgeschöpft sind. Zudem tragen neue multimediale Anwendungen in Lehre und Forschung zu einer weiteren Steigerung der üblichen Datenströme bei. Aus diesem Grund wird das B-WIN im Jahr 2000 durch das Gigabit-Wissenschaftsnetz (G-WIN) ersetzt. Damit erhalten Wissenschaft und Forschung an der Universität Bonn mit G-WIN das weltweit modernste Internet. Dieses besteht aus einem Kernnetz mit 29 Knoten, die über das Gebiet von Deutschland verteilt sind. So kann auch die Anbindung an die USA ab Juni 2000 auf 622 Mbits/s erhöht werden. Für das G-WIN wird vom DFN-Verein eine neue Tarifstruktur beschlossen, die vorsieht, dass Entgelte nun nach dem monatlichen Verkehrsaufkommen berechnet werden. Bei einer Überschreitung des monatlichen Datenvolumens um 25 % der nominalen Anschlusskapazität, muss die nächst höhere Kapazitätsklasse gewählt werden. Diese Änderung sorgt dafür, dass mit erheblichen Mehrkosten für Universität Bonn zu rechnen ist, da das Verkehrsaufkommen der Universität Bonn Bonn ein exponentielles Wachstum aufwies: So liegt der Wachstumsfaktor von April 1997 bis März 2000 bei 1,9% pro Jahr. Im Januar erreicht das eingehende Datenvolumen bereits 2600 MB/Monat, was einer durchschnittlichen Auslastung des B-WIN-Anschlusses von 24 % entspricht. Um dem entgegenzuwirken, richtet die Universität Bonn einen Appell an alle Nutzenden: "Internet-Ressourcen sparen!" Dabei wurden die Nutzer:innen unter anderem darum gebeten, ihren Browser so einzustellen, dass Bilder nicht automatisch geladen werden. 

Nach fast zwei Jahren Entwicklung kommt es im Sommersemester 2000 zu einem weiterem Novum: die neue Kundendatenbank, be Benutzerverwaltung, am RHRZ aktiviert. Dies hatte auch Auswirkungen auf die unmittelbar zentralen Dienste des RHRZ.
Die weitreichendste Änderungen war dabei die Zusammenfassung von verschiedenen Benutzergruppen. So entfiel künftig die Unterscheidung zwischen Mitarbeitenden, Studierenden und Professoren in der Benutzerkennung. Alte Kennungen blieben jedoch erhalten. Das System zur Vergabe der Kennungen war so entwickelt, dass bei Antragstellung eine Benutzererkennung nahezu frei vergeben werden konnte, sie muss nur universitäts-intern eindeutig sein. Fortan wurden für die Benutzerkennung der erste Buchstabe des Vornamens und bis zu sieben Zeichen des Nachnamens vorgeschlagen. Diese Umstellung war auch bei einem Statuswechsel vom Studierenden zum Mitarbeitenden von Vorteil, da kein Wechsel der Kennung mehr nötig war. Lediglich die an den Wechseln geknüpfte Rechte und Möglichkeiten mussten nun noch angepasst werden.
Eine weitere Änderung bestand darin, dass das neue System für alle Kunden bis zu drei E-Mail-Adressen mit jeweils einzeln definierbaren E-Mail-Weiterleitungen vorsah. Ebenfalls von den Änderungen betroffen war das Anmeldeverfahren für Studierende, welches ein neu eingesetztes Freischaltverfahren beinhaltete und damit den organisatorischen Aufwand deutlich reduzierte. So wurde den Studierenden ab Beginn des Sommersemesters 2000 mit den Semesterunterlagen eine RHRZ-PIN übermittelt. Mithilfe dieser PIN konnte an dafür eingerichteten Antrags-PCs eine automatisierte Freischaltung der Benutzerkennung beantragt werden. 

2000 fanden folgende IT-Lehrveranstaltungen am RHRZ statt:

• Erste Schritte am Windows PC,
• Erweiterte Bedienung eines Windows PC,
• Einführung in die Internet-Arbeitsplätze des RHRZs,
• Textverarbeitung unter Windows,
• Internet Intensivkurs,
• WWW und E-Mail,
• Excel,
• Word,
• SPSS für Windows,
• Datenbanksystem ACCESS
• Internet NEWS,
• Internet FTP,
• LINUX-Unix auf dem PC,
• Windows 2000 auf dem Arbeitsplatz PC,
• Einführung FORTRAN 90,
• C unter UNIX.

Sowie folgende Kurse und Vortragreihen zu Spezialthemen:

• Tabellen und Serienbriefe mit Word,
• Erstellen von wissenschaftlichen Arbeiten mit Word,
• Homepageerstellung,
• Erstellen von Vortragsunterlagen mit PowerPoint,
• PC-Grundwissen,
• Nutzung von Datennetzen,
• Vortragsreihe für Administratoren zur Organisation von DV im Zusammenspiel zwischen lokalen und zentralen Angeboten.

Im Jahr 2003 kommt es gleich zu zwei wichtigen Neuerungen: Dr. Rainer Bockholt übernimmt die Leitung des Regionalen Hochschulrechenzentrums und ab 2003 ist das Hochschulrechenzentrum ausschließlich als IT-Dienstleister für die Universität zuständig, so wird aus dem "Regionalen Hochschulrechenzentrum" (RHRZ) das "Hochschulrechenzentrum der Universität Bonn", kurz "HRZ".

Um den Zugang ins Internet und die Arbeit auf Datenbanken zu verbessern, startet 2003 das Pilotprojekt WLAN@BONNET.

Auch der weitere Ausbau des Universitätsnetzes (BONNET) kommt voran: Der HBFG-Antrag zum "Ausbau des hochschulinternen Datennetzes, 3. Bauabschnitt (2004-2007)" wurde gestellt. Hauptziele des 3. Bauabschnitts waren die Aufrüstung des BONNET-Backbone auf 10-Gigabit-Technologie, die flächendeckende Anbindung der Universitätsgebäude mit mind. 1 Gigabit/s, sowie der Aufbau einer ausfallsicheren Firewall-Versorgung. Die Beschaffung wurde gemäß Antrag in voller Höhe von der DFG empfohlen. Die Bereitstellung der Finanzmittel zog sich allerdings sehr viel länger hin als beantragt (2004-2007) und zwar bis ins Jahr 2013.

Das gut angelaufene WLAN@BONNET-Projekt soll 2005 erweitert werden. Da ein flächendeckendes Netz aus Kostengründen nicht denkbar war, wurden zunächst 6 WLAN-Standorte eingerichtet. Dazu wurden folgenden Standorte ausgewählt: die Römerstraße 164 (AVZ III), die Wegelerstraße 6 (HRZ/ IAP) und die Meckenheimer Allee 171 (Botanischer Garten).  die Meckenheimer Allee 172 (IKG), die Poppelsdorfer Allee 47 (IKP) sowie das Hauptgebäude.

Um das WLAN@BONNET zu nutzen, benötigen Anwender:innen einen regulären Zugang sowie eine funktionsfähige WLAN-Karte. Zudem muss ein funktionsfähiger VPN-Client von Cisco und eine Konfigurationsdatei für den VPN-Client auf dem Rechner vorhanden sein. Die Übertragungsrate des WLAN-Netzes beträgt im Jahr 2005 54 mbit/Sekunde.

Der neue IT-Helpdesk, der im Jahr 2005 noch Infopunkt heißt, wird feierlich in der Plaza im EG des HRZ eingeweiht. Zeitgleich werden auch die 60 neuen öffentlichen PC-Arbeitsplätze (OECAPs) im Erdgeschoss in Betrieb genommen. Diese konnten damals alle Uni-Angehörigen montags bis freitags zwischen 7:30 Uhr bis 21:30 Uhr nutzen.

Im Rahmen des ersten Bonner Universitätsfestes öffnete das HRZ seine Türen für Besucher:innen. Interessierte Gäste konnten an einem der 60 PCs frei im Internet surfen oder an einer Videokonferenz teilnehmen. Auch das neue öffentliche Drucksystem und der Posterdrucker waren im Einsatz. Besucher:innen konnten, wenn sie ein digitales Bild mitbrachten, ein ausgedrucktes Bild mit nach Hause nehmen und mit den neuen superschnellen Netzen vom Weltall aus die Erde betrachten. 

Am 01.08.2005 beginnt ein neuer Abschnitt für das HRZ, denn das Hochschulrechenzentrum startet sein Ausbildungsprogramm für Fachinformatiker:innen für Systemintegration und begrüßt seine ersten beiden Auszubildenden, die übrigens bis heute (Stand November 2024) im Hochschulrechenzentrum tätig sind.

Durch die Entwicklung von BASIS wird im Jahr 2008 das erste elektronische Vorlesungsverzeichnis der Universität Bonn freigeschaltet. Das System wurde erstmals auf virtualisierten Servern betrieben. Die Virtualisierungsplattform "VHRZ" bot später auch die Infrastruktur für viele weitere HRZ-Dienste.

Vom Wintersemester an wurden, über einen Zeitraum von 10 Jahren, Module für Bachelor-Studiengänge mit einer Abschlussprüfung von den Dozent:innen des HRZ durchgeführt. Die Themen waren: Erstellen von wissenschaftlichen Arbeiten, Tabellenkalkulation, Statistische Auswertungen mit SPSS, Präsentieren und Programmierung mit Java. Die Studierenden aus vielen Fachbereichen konnten mit bestehen der Prüfung 3 Credit Points erwerben.

Mit Plone 3 geht im Juni 2009 das erste zentrale Contentmanagement-System für die Webseiten an der Universität Bonn an den Start.

Zudem startet nach, zweijähriger Konzeptions- und Planungsphase, ein neuer zentraler Speicher für die Nutzer:innen der Universität: Die File-Service-Infrastruktur (FSI). Sie bietet  deutlich mehr Speicherplatz, als das seit 1992 im Einsatz befindliche AFS.

Das Hochschulrechenzentrum der Universität Bonn richtet im September 2009 die erste (?) ZKI-Herbsttagung mit 250 Teilnehmenden und 40 Firmen in der Aula des Hauptgebäudes aus. 

Das Jahr 2009 ist vor allem auch von umfangreichen Umstrukturierungen im Maschinensaal des Hochschulrechenzentrums geprägt: Im Serverraum des HRZ stehen im Mai 2009 zunächst umfangreiche Umbauten der Netz- und Serverinfrastruktur an. Die Switches, die der Netzanbindung der zentralen Server dienen, werden durch neuere Modelle ersetzt, die auch eine Anbindung mittels 10Gbit/s ermöglichen. Da sowohl die Netz- als auch die Serverinfrastruktur durch immer wieder notwendige Umbauten und Ergänzungen der letzten Jahre zu einer „gewachsenen“ Struktur geführt haben, die nicht optimal für die dauerhafte Sicherstellung eines stabilen Betriebes geeignet ist, werden alle vorhandenen Server in größere Serverschränke umgebaut und neu angeschlossen. Diese Umbauten dienen zudem einer optimierten Klimaführung im Serverraum des HRZ um die Effizienz der bestehenden Klimaanlage zu steigern. Im Rahmen des Umbaus werden ca. 350 Netzanschlüsse und mehr als 100 Server und Speichersysteme in 10 Verteilerschränken umgebaut, so dass es auch zu Ausfällen von zentralen Diensten kommen wird. Durch die umfangreichen Vorbereitungen in den Wochen zuvor werden die Ausfallzeiten auf ein Minimum reduziert.

Ebenfalls im Jahr 2009 finden die ersten Planungsgespräche statt, den Backbone-Netzknoten im Katzenburgweg zu einem Notfall-Maschinensaal umzubauen. Bis zur Inbetriebnahme sollte es neun Jahre dauern.